Le origini del Liceo Classico di Jesi risalgono al '500, quando l’entusiasmo per gli studia humanitatis contagiò anche la nostra città, che volle istituire un pubblico Ginnasio. Il 12 agosto 1548 il Consiglio di Credenza cittadino decideva pertanto l'istituzione del Gymnasium, la cui prima sede fu il Palazzo della Signoria.
Il 12 agosto 1548 il Consiglio di Credenza cittadino decideva pertanto l'istituzione del Gymnasium, la cui prima sede fu il Palazzo della Signoria. Materie d’insegnamento erano soprattutto le discipline classiche, impartite dal Magister Ludi Letterarii, il quale percepiva dalla civica amministrazione lo stipendio annuo di 140 fiorini. Il Magister era coadiuvato nella sua opera, prima da uno, poi da due assistenti o "repetitores". Nel 1580 furono affiancate a quella di materie umanistiche altre due cattedre di particolare prestigio, Legge e Filosofia o Logica.
Nel corso del XVII secolo l'attività culturale del ginnasio, la cui sede era stata nel frattempo spostata al Palazzo dei Priori, l'attuale Palazzo Comunale, continuò senza sostanziali mutamenti nella sua impostazione didattica. Si distinsero fin da allora nell’insegnamento uomini di grande prestigio, come Don Giulio Gattucci, che una fonte definisce "gran conoscitore di lettere, dottissimo in lingua latina e di grande perizia in greco".
Nella seconda metà del Settecento, anche sotto la pressione delle nuove idee illuministiche, incominciò ad essere sempre più sentita l’esigenza di apportare qualche innovazione all’attività didattica dell'antico Ginnasio.
E'nel quadro della riforma dell'istruzione pubblica varata dal governo napoleonico, in base alla quale la scuola veniva distinta in "sublime", "media" ed "elementare", che nacque la denominazione, di etimologia classica, di "Liceo" per indicare il tipo di scuola a carattere pre-universitario in cui viene impartito l’insegnamento di scienze, lettere ed arti. Il Ginnasio assumeva il ruolo di scuola propedeutica all’insegnamento liceale. Poiché il distretto di Jesi faceva parte, nell’Italia napoleonica, del Dipartimento del Metauro con capitale Ancona, e la città era stata dichiarata di "prima classe", essa aveva il diritto di possedere un suo Ginnasio, che di fatto già aveva da due secoli. Il 13 novembre 1812 venne inaugurato il nuovo Ginnasio, che contemplava anche l'insegnamento della lingua francese. Primo Prefetto, e cioè Preside, dell’istituto scolastico fu nominato Ubaldo Primavera.
Sostanzialmente immutata rimase la struttura didattica del Ginnasio durante la Restaurazione: nel 1821 venne redatto e approvato il regolamento del Ginnasio pubblico, che comprendeva otto cattedre con una gamma molto estesa di discipline, dalla "Bassa Grammatica e Calligrafia" alla "Retorica, Eloquenza e Poesia".
In seguito al Plebiscito del novembre 1860 le Marche entrano a far parte del Regno d'Italia. Nella seduta del 31 dicembre dello stesso anno il Consiglio Comunale di Jesi decise di "ampliare ed ordinare secondo le nuove leggi" il civico Ginnasio e votò per l'istituzione del Liceo nella nostra città che iniziò pertanto ufficialmente la sua attività nel 1861. Nella seduta del 13 gennaio 1878 il Consiglio Comunale decise di intitolare il Liceo classico a Vittorio Emanuele II. Un’insigne schiera di docenti caratterizza l’istituto jesino nel suo passaggio dall’ultimo Ottocento ai primi decenni del Novecento, dagli storici ed eruditi Alcibiade Moretti, Antonio Gianandrea e Gaetano Gasperoni al filologo classico Don Cesare Anibaldi, agli studiosi di Matematica Don Vincenzo Mattioni, Bernardino Varisco e Antonio Mogni, e, in epoca più recente, agli insigni latinisti Egisto Paladini e suo figlio Virgilio, che contribuiranno ad accrescere il prestigio del Liceo Jesino.
Dall’anno scolastico 1989/90 a l’anno a questo Liceo è stato annesso l’Istituto Magistrale "Pergolesi" che con i suoi distinti indirizzi: a) corso quinquennale Socio Psico Pedagogico Progetto Brocca b) corso quinquennale maxi-sperimentale Scienze Sociali completa la formazione umana, culturale e sociale degli studenti.
Nell’anno 2010/11 gli indirizzi di cui il Liceo Classico si articola diventano tre: a) Liceo Classico b) Liceo delle Scienze umane c) Liceo Economico sociale